بسياري از متافيزيسينها معتقدند كه غده‌ي پينه آل و سيستم پيچيده‌‌ي عصبي مربوط به آن پس از مدت‌هاي طولاني تمرين مراقبه دچار تغيير عملي ميشود. اين موضوع توسط بسياري از دانشمندان كه روي فعاليت الكتريكي مغز تحقيق كردهاند، اثبات شده است.

آنها دريافته اند كه وقتي انسان در حالت بيداري و هوشياري معمولي به سر ميبرد، امواج الكتريكي مغز كه در اين حالت امواج بتا نام دارند و توسط قشر مخ توليد ميشوند، داراي طول موج كم و فركانس زياد هستند. وقتي فرد چشمانش را ميبندد و ذهن او در حالت آرامش و در عين حال هوشياري قرار دارد، تغيير ناگهاني در شكل امواج مغز به وجود مي آيد، طول موج امواج بيشتر شده، فركانس آنها كاهش مييابد. اين امواج را امواج آلفا مينامند، كه وجود آنها هم در دانشجويان مبتدي و هم در استادان متافيزيك نشان داده شده است.

ديده شده كه مراقبه كنندگان با تجربه و استادان پيشرفته‌ي متافيزيك داراي يك موج مغزي ديگري به نام تتا ميباشند، امواج تتا نسبت به امواج آلفا داراي طول موج بيشتر و فركانس كمتر ميباشند. نكته جالب توجه اين است كه اين امواج تتا به‌طور طبيعي تنها در مبتلايان به بيماري صرع در زمان حمله هاي صرع ماژور ديده ميشود. يك توضيح ممكن براي اين موضوع اين است كه در زمان حمله هاي صرع،سطوح پايين سيستم عصبي كنترل كامل بدن را به‌دست ميگيرد و ذهن برتر در حالت آرامش كامل به سر ميبرد. چنان‌كه در حالت مراقبه عميق اتفاق ميافتد.

حالت مراقبه باعث تغييرات فيزيولوژيك ديگري نيز ميشود كه هم‌زمان با ثبت امواج مغزي بررسي ميشود. در حالت آگاهي مراقبه اي با امواج مغزي آلفا، تعداد ضربان قلب، مصرف اكسيژن توسط سلول‌هاي بدن و دفع دياكسيد كربن كاهش مييابد، متابوليسم بدن آهستهتر ميشود و فعاليت سيستم عصبي سمپاتيك نيز كاهش مييابد. كاهش سطح لاكتات خون به مراتب محسوستر است. درحالي‌كه سطح اين ماده در خون افراد دچار تنش‌هاي عصبي و اضطراب به‌طور مشخص بالا است. در حالت مراقبه يعني زماني كه مغز امواج آلفا ساطع ميكند، فرآيندي مخالف با فعاليت سيستم ترشح كننده‌ي آدرنالين اتفاق ميافتد. اين فرآيند بدن را قادر ميسازد كه در حالتي آسودهتر و رهاتر عمل كند.گروه ديگري از پژوهشگران پيرامون پديدههاي روحي انسان مخصوصاً ارتباط بين ادراكات فراحسي و فعاليت امواج آلفا تحقيق كردهاند. در يك بررسي از تعداد زيادي افراد خواسته شد كه حدس بزنند درون يك جعبه‌ي در بسته چه كارتي وجود دارد. با استفاده از تستهاي آماري مشخص شد، هنگامي كه فرد چشمانش را ميبندد و روي موضوعي تمركز ميكند امواج آلفاي مغز او افزايش مييابد و كساني كه امواج آلفاي بيشتري توليد ميكردند، اغلب ميتوانستند كارتهاي داخل جعبه را به درستي تشخيص دهند. در مواردي كه توليد امواج آلفا در حد پايين قرار داشت، (همان طور كه در حالت طبيعي در بسياري از مردم يا هنگام باز بودن چشم‌ها مشاهده ميشود) حدس زدن كارتها تنها براساس شانس صورت ميگرفت. افراد مورد آزمايش هم‌چنين وضعيت ذهني خود را در هنگام فعاليت غالب امواج آلفا توصيف كردند، همه آنها اتفاق نظر داشتند كه آن حالت رهايي ذهن و جدايي از اطراف، تجربهاي لذت بخش بود. هنگامي كه افراد در اين حالت چشمان خود را باز ميكردند، ميتوانستند جدايي خود را از اشياء محيط مشاهده كنند. افزايش توانايي‌هاي روحي در اين شرايط با توانايي‌هاي فردي كه چاكراي آجناي خود را فعال كرده و ميتواند اشياء دور را با چشم بصيرت ببيند، مطابقت دارد.

نوش داروي اكثر بيماريهاي دنياي مدرن، امواج مغزي آلفا است كه بدن و ذهن را در وضعيتي آرام و آزاد قرار ميدهد و با واكنشهاي ناهنجاري كه از ابتداي خلقت انسان در جسم او رخ داده مقابله ميكند. در دنياي مدرن زندگي انسان ديگر توسط حيوانات وحشي يا قبايل آدم خوار تهديد نميشود، اما سيستم قديمي ترشح كننده‌ي آدرنالين كه بدن انسـان را در برابر چنان تهديدهايي محافظت ميكرده است، در برابر تهديـدهاي مـدرن نيز به همان روش قـديمي واكنش نشان ميدهد. امروزه تهديدهاي زندگي انسان معمولاً به صورت ترس از بحران مالي يا از دست دادن موقعيت شغلي و يا مشكلات خانوادگي و امثال آن جلوهگر ميشود. اگرچه اين قبيل تنش‌هاي جامعه‌ي مدرن خطرات غير واقعي هستند، ذهنِ نگران و مضطرب آنها را واقعي تلقي ميكند. از آنجا كه بحرانهاي دنياي مدرن حد و مرزي ندارد و هرگز پايان نميپذيرد، بدن بسياري از مردم به‌طور مداوم نسبت بهآنها واكنش نشان ميدهد. اين حالت تنش و اتلاف مداوم انرژي، منجر به بيماريهاي جسمي و روحي ميشود. علاوه بر اين بزرگ‌ترين مكانيسم دفاعي بدن انسان به دليل استفاده‌ي بيش از حد فرسوده مي‌شود و به اين ترتيب بسياري از مردم خود را در مقابل خطرهاي واقعي ناتوان ميبينند. افزايش روزافزون تعداد قربانيان شوك ناشي از مواجهه‌ي ناگهاني با موقعيتهاي خطرناك واقعي تأييد كننده‌ي اين مطلب است. پزشكان و دانشمندان معتقدند كه مراقبه يكي از بهترين شيوه‌ها براي درمان اين عارضه است. مراقبه باعث آرامش ذهن ميشود و همواره با كاوش در زواياي روح انسان همراه است.

همانطوري كه گفته شد حد فيزيكي آجنا، غده‌ي پينهآل است كه با مغز در ارتباط ميباشد. برخي از متافيزيسينها معتقدند كه غده‌ي پينهآل گيرنده و فرستنده‌ي نوسان‌هاي نامحسوسي است كه افكار و پديده هاي روحي را در كيهان انتقال ميدهد. غده‌ي پينه آل امواج مغزي را به امواج الكتريكي تبديل ميكند، كه با سرعتي بالاتر از سرعت نور حركت ميكنند، اين امواج در مغز انسان ذخيره ميشوند. كساني كه  داراي توانايي‌هايي مانند بينايي و شنوايي متافيزيكي هستند، اين كار را از طريق همين امتياز چاكراي آجنا يعني تغيير ماهيت امواج آلفا انجام ميدهند.

انسان مدرن، داراي تفكري منطقي است و ترجيح ميدهد زندگي خود را براساس واقعيتهاي علمي پايه گذاري كند. امروزه بيشتر، واقعيتهاي علمي مورد پذيرش قرار ميگيرند و تجربيات علمي ثابت كردهاند، بعضي از مردم كه تفكر مراقبهاي دارند و امواج مغزي آنها به‌طور عمده از نوع آلفاست، ميتوانند وقايع را پيشبيني كنند و از وقايع دروني و بيروني كه خارج از دسترس حواس پنج‌گانه است آگاهي داشته باشند. اين توانايي‌هاي روحي كه بسياري از مردم براي كسب آنها تلاش ميكنند، ابتداييترين نشانه هاي قدم گذاشتن در مسير معنويت هستند. اگرچه رهروان واقعي، داشتن اين توانايي‌ها را انكار ميكنند تا مبادا آشكار ساختن توانايي‌هايشان باعث زوال و شكست آنها شود. حقيقت اين است كه قدرتهاي دروني در همه‌ي ما وجود دارد، ما فقط بايد براي بيدار كردن مراكز عالي مغز كه با چاكراي آجنا در ارتباط هستند، تمرين كنيم تا بتوانيم راهي به سوي تجربه هاي جديد و روزنه اي به سوي نور و روشنايي بگشاييم.